Bộ Nội An được thành lập vào ngày 25 tháng 11 năm 2002 bởi Đạo luật An ninh Nội địa năm 2002. Sau nhiều tháng thảo luận về quyền lợi và phúc lợi nhân viên và các vấn đề khác, Tổng thống George W. Bush ký nó thành luật. Ý định là tập trung tất cả các tổ chức thuộc hành pháp Hoa Kỳ có liên quan đến an ninh nội địa vào một cơ quan nội các duy nhất. Ridge được vào chức vụ bộ trưởng ngày 24 tháng 1 năm 2003 và bắt đầu chọn các phụ tá chính cho mình. Bộ Nội An chính thức bắt đầu hoạt động ngày 24 tháng 1 năm 2003 nhưng đa số các cơ quan khác của bộ chưa hoàn tất chuyển qua bộ mới thành lập này cho đến 1 tháng 3.

Đây là lần tổ chức lại chính phủ lớn nhất trong vòng 50 năm kể từ khi Bộ Quốc phòng được thành lập.

Sau khi thiết lập nền tảng căn bản của Bộ Nội An và tiến hành sáp nhập các phần tử của bộ và đưa bộ vào hoạt động, Ridge thông báo từ chức vào ngày 30 tháng 11 năm 2004 theo sau cuộc tái đắc cử của Tổng thống Bush. Tổng thống ban đầu tiến cử cựu ủy viên hội đồng cảnh sát New York là Bernard Kerik vào thay, nhưng ngày 10 tháng 12 Kerik rút khỏi sự tiến cử với lý do cá nhân và nói rằng "đấy không phải là ích lợi tốt nhứt" cho đất nước để ông theo đuổi chức vụ này. Ngày 11 tháng 1 năm 2005, Tổng thống Bush tiến cử thẩm phán liên bang Michael Chertoff thay cho Ridge. Chertoff được chấp thuận với tỉ lệ phiếu 98-0 tại Thượng viện Hoa Kỳ ngày 15 tháng 2 năm 2005. Ông tuyên thệ nhậm chức cùng ngày.